本資料は、農業および食品加工業を営む事業者が活用できる2026年時点の最新の補助金・交付金制度をまとめたものです。農林水産省が主導する業種特化型の制度から、経済産業省などが実施する汎用的な制度まで、設備投資や販路開拓に役立つ15の制度を網羅しています。

農業・食品加工業で使える制度を目的別に整理しました。大型の産地施設整備から、スマート農業・6次産業化・新規就農まで網羅。まずは「公募予定」「随時受付」の制度をチェックしてください。

🌾 産地の施設・機械整備（農水省の大型交付金）（3件）

🤖 スマート農業・IT・省力化（4件）

🏭 6次産業化・食品加工・輸出対応（3件）

🌱 新規就農の支援（2件）

📈 新事業・販路開拓・事業承継（3件）

各制度の詳細

強い農業づくり総合支援交付金

農業の競争力強化に向けて、産地の基幹となる大型施設の整備を支援する農林水産省の主力交付金です。

• 概要：産地の収益力向上や食料システムの構築を目的とし、集出荷施設や加工施設などの整備を支援します。「食料システム構築支援」「産地基幹施設等支援」「卸売市場等支援」の3タイプがあります。
• 補助額・補助率：産地基幹施設等支援の場合、補助上限は20億円、補助率は1/2以内です。
• 対象経費：施設の建設・改修費、関連する機械・設備の導入費。
• 通りやすい設備例/申請例：大型の自動選果機、高度な予冷・冷蔵設備、衛生管理（HACCP）に対応した食品加工ラインの整備など、産地全体の出荷量増や品質向上に直結する設備。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募は、都道府県を通じて4〜6月頃に実施される予定です。
• 詳細URL：強い農業づくり総合支援交付金

産地生産基盤パワーアップ事業

地域の強みを活かした産地の収益力強化を支援する事業です。

• 概要：産地が策定する「産地パワーアップ計画」に基づき、農業者等が行う高性能な機械の導入や施設の整備を支援します。
• 補助額・補助率：事業規模により実質的な上限は異なりますが、補助率は1/2以内です。
• 対象経費：農業機械の購入費、パイプハウス等の施設整備費、果樹の改植費用など。
• 通りやすい設備例/申請例：GPS自動操舵トラクター、収量コンバイン、環境制御システムを備えた高度な園芸用ハウスなど、労働力削減と単収向上を両立する設備。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募予定（各都道府県・協議会により異なる）。
• 詳細URL：産地生産基盤パワーアップ事業

スマート農業総合推進対策

農業分野におけるデジタルトランスフォーメーション（DX）を強力に推進する事業です。

• 概要：農業支援サービス事業体の育成や、スマート農業機械の導入を支援します。新たに「スマート農業技術活用促進法」の計画認定を受けることで、金融や税制の特例措置も受けられます。
• 補助額・補助率：スマート農業機械等導入支援の場合、補助上限は1,500万円、補助率は1/2以内です。
• 対象経費：スマート農業機械の本体価格、導入に必要なシステム構築費等。
• 通りやすい設備例/申請例：農薬散布用ドローン、AI搭載の自動収穫ロボット、ほ場環境のセンシング・自動制御システムなど、省力化効果が明確な先端技術。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募予定。
• 詳細URL：スマート農業総合推進対策

6次産業化総合支援事業

農林漁業者による加工・販売への展開を支援し、付加価値の向上を目指す事業です。

• 概要：農林水産物を利用した新商品の開発や、加工・販売施設の整備など、いわゆる「6次産業化」の取り組みを総合的に支援します。
• 補助額・補助率：施設整備の場合、補助上限は3,000万円等、補助率は1/2以内です（事業内容により変動）。
• 対象経費：加工施設の建築・改修費、加工機械の購入費、新商品開発のための専門家指導費、パッケージデザイン費など。
• 通りやすい設備例/申請例：規格外農産物を活用したジュースやジャムの加工設備、真空包装機、急速冷凍機など、自社農産物の付加価値を高める加工ラインの整備。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募予定。
• 詳細URL：6次産業化総合支援事業

食品産業の輸出向けHACCP等対応施設整備事業

食品の輸出拡大に向けて、国際的な衛生管理基準への対応を支援する事業です。

• 概要：輸出先国が求めるHACCP等の食品安全基準や、ハラール等の認証取得に必要な施設の改修、機器の導入を支援します。
• 補助額・補助率：補助上限は5億円、補助率は1/2以内です。
• 対象経費：施設の改修・増築費、衛生管理に必要な機械・設備の購入費。
• 通りやすい設備例/申請例：ゾーニング（汚染区と非汚染区の分離）のための工場改修、サニタリー仕様の製造ライン、金属検出機やX線異物検出機の導入など。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募予定。
• 詳細URL：食品産業の輸出向けHACCP等対応施設整備事業

新規就農者育成総合対策（経営発展支援事業）

次世代を担う新規就農者の経営基盤確立を強力にバックアップする事業です。

• 概要：認定新規就農者が、就農後の経営発展のために行う機械・施設の導入や家畜の導入などの初期投資を支援します。
• 補助額・補助率：通常枠の国費上限は500万円（経営開始資金と併用する場合は250万円）。都道府県支援分の2倍を国が支援（実質的な補助率は国1/2等）。
• 対象経費：農業機械・施設の導入、家畜の導入、果樹・茶の新植・改植費など。
• 通りやすい設備例/申請例：新規就農者が自立経営を開始するために必須となるトラクター、田植え機、防除機、基本的なビニールハウスの建設など。
• 次回スケジュール：令和8年度随時（市町村窓口で受付）。
• 詳細URL：新規就農者育成総合対策

畜産クラスター事業

地域の畜産農家が連携して行う収益力強化の取り組みを支援する大型事業です。

• 概要：地域の「畜産クラスター計画」に基づき、中心的な経営体が行う施設整備や機械導入を支援します。令和8年度からは施設の長寿命化を支援する「持続性向上タイプ」も新設されました。
• 補助額・補助率：収益性向上タイプの施設整備の場合、補助上限は5億円、補助率は1/2以内です。機械導入はリース方式で定額補助等のメニューがあります。
• 対象経費：畜舎、搾乳施設、堆肥処理施設などの整備費、関連機械の導入費。
• 通りやすい設備例/申請例：搾乳ロボット、自動給餌機、TMR（完全混合飼料）センターの整備、悪臭対策を備えた高度な堆肥化施設など。
• 次回スケジュール：令和8年度の公募予定（都道府県畜産振興協会等経由）。
• 詳細URL：畜産クラスター事業

ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金

製造業だけでなく、食品加工業などでも幅広く活用される経済産業省の代表的な補助金です。

• 概要：革新的な製品・サービスの開発や、生産プロセスの改善に必要な設備投資を支援します。
• 補助額・補助率：製品・サービス高付加価値化枠の場合、従業員規模に応じて750万円〜4,000万円。大幅賃上げ特例を満たせば最大6,000万円。補助率は1/2（小規模事業者は2/3）です。
• 対象経費：機械装置・システム構築費（必須）、技術導入費、専門家経費など。
• 通りやすい設備例/申請例：新商品のレトルト食品を開発・量産するためのレトルト殺菌機や充填機の導入、賞味期限を延長する特殊包装ラインの開発など、明確な「革新性」がある設備投資。
• 次回スケジュール：第23次で受付終了。第24次以降は未定で、2026年度以降は「新事業進出補助金」と統合される見込みです。
• 詳細URL：ものづくり補助金総合サイト

中小企業省力化投資補助金（一般型）

深刻な人手不足を解消するためのオーダーメイド設備投資を支援する2026年の注目補助金です。

• 概要：IoT、ロボット、AIなどのデジタル技術を活用し、自社の業務フローに合わせたオーダーメイドの省力化設備・システムを導入する費用を支援します。
• 補助額・補助率：従業員規模に応じて750万円〜8,000万円。大幅賃上げ特例を満たすと最大1億円。補助率は1/2（小規模事業者は2/3）です。
• 対象経費：機械装置、システム構築費など。
• 通りやすい設備例/申請例：食品工場の計量・包装・箱詰め工程を完全自動化する一貫ライン、AIを活用した農産物の自動選別・外観検査システムなど、明確な労働時間削減（省力化効果）が示せる設備。
• 次回スケジュール：第7回の申請受付は2026年7月上旬〜7月下旬の予定です。
• 詳細URL：中小企業省力化投資補助金（一般型）

中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）

カタログから選ぶだけで手軽に申請できる省力化補助金です。

• 概要：事前に登録された製品カタログから、自社の課題に合った省力化機器を選んで導入する費用を支援します。
• 補助額・補助率：補助上限は1,500万円。補助率は1/2（小規模事業者は2/3）です。
• 対象経費：カタログに登録された省力化機器の製品本体価格、導入経費。
• 通りやすい設備例/申請例：無人搬送車（AGV）、清掃ロボット、自動精算機、スチームコンベクションオーブンなど、汎用性が高くカタログ登録されている機器。
• 次回スケジュール：随時受付中（おおむね2027年3月末頃まで）。
• 詳細URL：中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）

※本資料に記載の内容は2026年時点の最新情報に基づきますが、各制度の公募要領は随時更新されるため、実際の申請にあたっては必ず各実施機関の公式ウェブサイト等で最新の公募要領をご確認ください。

新事業進出・事業再構築補助金（仮称）

コロナ禍を機に生まれた「事業再構築補助金」の後継として、2026年度に実施が見込まれる大型補助金です。

• 概要：新分野展開、業態転換、業種転換など、思い切った事業の再構築に取り組む中小企業を支援します。2026年度以降は「ものづくり補助金」と統合され「新事業進出・ものづくり補助金」として再編される見込みです。
• 補助額・補助率：過去の事業再構築補助金では最大1.5億円、補助率は1/2〜2/3等でした。新制度の詳細は公募要領の公表を待つ必要があります。
• 対象経費：建物の改修・建設費、機械装置・システム構築費、外注費など。
• 通りやすい設備例/申請例：農業法人が食品加工・直販事業に参入するための加工場建設、食品製造業者が新たな業態（冷凍食品・EC販売）に転換するための設備投資など、事業の抜本的な転換を伴う取り組み。
• 次回スケジュール：2026年度公募予定。最新情報は公式サイトを参照。
• 詳細URL：事業再構築補助金公式サイト

小規模事業者持続化補助金

小規模な農業者・食品加工業者が販路開拓や生産性向上に取り組む際に活用しやすい補助金です。

• 概要：商工会・商工会議所の支援を受けながら経営計画を作成し、その計画に基づく販路開拓や業務効率化の取り組みを支援します。
• 補助額・補助率：通常枠で補助上限50万円（補助率2/3）。特別枠（創業・後継者支援枠等）では最大200万円まで拡充されます。
• 対象経費：機械装置等費、広報費、ウェブサイト関連費、展示会出展費、開発費など。
• 通りやすい設備例/申請例：農産物の直売所開設に伴うPOSレジや冷蔵ショーケースの導入、農産加工品のECサイト構築、地域の食材を活用した加工品の新パッケージ開発など。
• 次回スケジュール：第20回以降の公募予定。最新情報は公式サイトを参照。
• 詳細URL：小規模事業者持続化補助金

IT導入補助金

農業・食品加工業の業務管理のデジタル化に活用できる補助金です。

• 概要：中小企業・小規模事業者が業務効率化や売上向上を目的としてITツール（ソフトウェア、クラウドサービス等）を導入する費用を支援します。
• 補助額・補助率：通常枠（A・B類型）で最大450万円。補助率は1/2〜4/5です。
• 対象経費：ソフトウェア費、クラウド利用料（最大2年分）、導入関連費など。
• 通りやすい設備例/申請例：農場管理システム（栽培記録・労務管理の一元化）、食品製造業向けの生産管理・在庫管理システム、HACCP管理記録のデジタル化ツール、ECサイト構築ツールなど。
• 次回スケジュール：随時受付中。最新情報は公式サイトを参照。
• 詳細URL：IT導入補助金

事業承継・引継ぎ補助金

農業・食品加工業における世代交代や経営移譲を機に、新たな投資を後押しする補助金です。

• 概要：事業承継やM&Aを契機として、後継者が行う新たな取り組み（設備投資、販路開拓等）や、M&A支援機関に支払う専門家費用を支援します。
• 補助額・補助率：経営革新事業（設備投資等）の場合、補助上限は800万円、補助率は1/2〜2/3です。
• 対象経費：設備投資費、店舗改装費、マーケティング費用、専門家経費など。
• 通りやすい設備例/申請例：農業法人を引き継いだ後継者が行う新品種への転換に伴う設備更新、老舗食品加工業の承継後に取り組む新製品ラインの立ち上げなど。
• 次回スケジュール：随時公募予定。最新情報は公式サイトを参照。
• 詳細URL：事業承継・引継ぎ補助金

制度選択のポイント

農業・食品加工業における補助金活用を検討する際は、事業規模・事業フェーズ・投資目的に応じて最適な制度を選択することが重要です。下表に主な選択軸を整理します。

免責事項：本資料に記載の内容は2026年6月時点の情報に基づいています。各制度の公募要領・補助条件は随時更新されるため、実際の申請にあたっては必ず各実施機関の公式ウェブサイト等で最新の公募要領をご確認ください。