2026年7月30日、環境省の令和8年度「Scope3排出量削減のための企業間連携による省CO2設備投資促進事業」の公募が開始されました。

この補助金は、単純に「自社工場の省エネ設備を更新する企業」を支援する制度ではありません。

大企業等の「代表企業」と、そのサプライヤー・物流会社・廃棄物処理事業者等の「連携企業」が協力して、サプライチェーン全体のCO2排出量、特にScope3を削減するための設備投資を支援する制度です。

補助上限は1事業者あたり最大15億円。中小企業の場合は原則として補助対象経費の1/2が補助されます。

製造業を中心に、取引先を巻き込んだ大型の省エネ・GX投資を計画している企業にとって注目すべき制度です。

Scope3排出量削減補助金の概要

正式名称は、

令和8年度脱炭素成長型経済構造移行推進対策費補助金
「Scope3排出量削減のための企業間連携による省CO2設備投資促進事業」

です。

主な条件をまとめると次のとおりです。

中小企業以外であっても、「GX率先実行宣言」を行い、1つの排出削減事業所で年間3,000t-CO2以上を削減する場合、その事業所について補助率1/2が適用されます。

そもそも「Scope3」とは？

企業の温室効果ガス排出量は、大きくScope1・Scope2・Scope3に分けられます。

• Scope1：自社が直接排出するCO2
• Scope2：購入した電力・熱等の使用による間接排出
• Scope3：原材料調達、物流、廃棄など、自社以外のサプライチェーンで発生する排出

従来の省エネ補助金では、自社工場のScope1・Scope2削減が中心でした。

今回の制度で特徴的なのは、発注企業がサプライヤー等へ働きかけ、取引先の設備更新によって自社のScope3を減らす仕組みになっていることです。

公募要領6ページの事業イメージでも、「代表企業」が「連携企業」にCO2削減を働きかけ、サプライチェーン全体で排出削減を行う構造が示されています。

つまり、

「自社だけで脱炭素する」のではなく、「取引先も一緒に脱炭素する」

ことを国が設備投資面から支援する制度といえます。

対象となるScope3カテゴリーは5つだけ

注意したいのが、Scope3であれば何でも対象になるわけではないことです。

15カテゴリーのうち、対象となるのは次の5カテゴリーです。

一方、

• 資本財
• 出張
• 従業員の通勤
• リース資産
• 販売した製品の加工
• 販売した製品の使用
• フランチャイズ
• 投資

などは今回の対象外です。

特に製造業では、カテゴリー1「購入した製品・サービス」が重要です。

例えば、

大手メーカー → 部品メーカー → 素材メーカー

というサプライチェーンで、部品メーカーや素材メーカーが高効率設備へ更新するケースが典型例になります。

「代表企業」と「連携企業」の仕組み

本制度では主に、

①代表企業
②連携企業

という2つの立場があります。

代表企業とは

代表企業は、自社のScope3削減を目的として、取引先等の省CO2設備投資を主導する企業です。

そして、最初の「応募申請」は代表企業が行います。

例えば、

自動車メーカー（代表企業）
↓
部品メーカー（連携企業）
↓
設備更新

という形が考えられます。

連携企業とは

代表企業のScope3に含まれる取引先等で、実際に設備更新を行う企業です。

代表企業と連携企業は、CO2削減について合意を締結する必要があります。

また、代表企業が大企業の場合には原則2社以上の連携企業、代表企業が中堅・中小企業の場合には1社以上の連携企業が必要です。

ここは重要です。

大企業が代表企業となり、取引先1社だけを連携企業として申請するという形では原則として要件を満たしません。

2次サプライヤーも対象にできる

本制度は、代表企業と直接取引している1次サプライヤーだけが対象ではありません。

公募要領では、2次サプライヤーについても、代表企業・1次サプライヤー・2次サプライヤー間でCO2削減の合意を交わすことで交付申請が可能とされています。

さらに、この場合、1次サプライヤー自身が補助金を申請する必要はありません。

そのため、

完成品メーカー
↓
Tier1
↓
Tier2
↓
Tier3

といった裾野の広い製造業サプライチェーンにも利用できる可能性があります。

最大のポイントは「CO2削減率」

本補助金で最も重要な要件の一つがCO2削減率です。

基本的には、事業全体として現在の設備構成から30％以上のCO2削減が求められます。

さらに、設備を導入する企業ごとに次の削減率を満たす必要があります。

つまり、

「全体で30％削減」＋「各企業も企業規模別の最低削減率をクリア」

という二段階の考え方です。

例

連携企業B（中堅企業）

• 現在：400t-CO2
• 更新後：260t-CO2
• 削減率：35％

連携企業C（中小企業）

• 現在：100t-CO2
• 更新後：90t-CO2
• 削減率：10％

といったように、企業規模ごとの基準を満たしながら、事業全体でも30％以上の削減を実現する必要があります。

公募要領13ページには、この考え方が図解されています。

複数工場のCO2削減率を合算できる

同一事業者が複数の工場・事業場で設備更新する場合、削減量を合算することも可能です。

例えば大企業の場合、

• A工場：40％削減
• B工場：20％削減

で、両工場を合わせれば30％削減になる場合、B工場も補助対象とすることができます。

ただし、各事業所について最低限、

• 大企業・中堅企業：20％以上
• 中小企業：10％以上

の削減が必要です。

また、単体では要件を満たさないB工場を先に申請することはできず、単体で要件を満たすA工場を先に交付申請する必要があります。

どんな設備が補助対象になる？

対象となるのは、既存設備の更新やシステム更新によってCO2を削減する設備です。

代表的には、

• 高効率生産設備
• 高効率空調設備
• ボイラー
• 工業炉
• コンプレッサー
• 冷凍・冷蔵設備
• 電化設備
• 燃料転換設備
• 廃熱回収設備
• コージェネレーション
• 一定の再生可能エネルギー設備
• 付随する受変電設備

などが想定されます。

公募要領では、「高効率化」「電化・燃料低炭素化」「廃エネルギー利用」などによってCO2削減に寄与する産業・業務用設備・生産設備を対象としています。

設備には「費用対効果」と「投資回収年数」の条件もある

単にCO2を10％・20％・30％削減できればよいわけではありません。

設備ごとの事業計画には、さらに重要な条件があります。

費用対効果

10万円／t-CO2以下

である必要があります。

計算式は、

補助対象経費 ÷（年間CO2削減量 × 法定耐用年数）

です。

投資回収年数

さらに、

投資回収年数3年以上

であることも要件です。

つまり、極端に短期間で元が取れてしまう設備については、補助金を利用しなくても投資できると判断される可能性があります。

原則は「既存設備の更新」

設備についても細かな要件があります。

主なものは、

• CO2削減効果を定量的に把握できる
• ランニングコスト削減効果を把握できる
• 償却資産として登録される
• 未使用品である
• 将来用・予備設備ではない
• 原則として既存設備と同程度以下の能力
• 既存設備は原則撤去または稼働不能状態とする
• 導入後の年間CO2排出量が基準年度より少なくなる

ことです。

したがって、

単なる生産能力増強を目的とした設備投資

には利用しにくい制度です。

ただし、省CO2システムとして合理的に必要な場合には、既存設備より能力が大きい設備も認められる余地があります。

太陽光発電設備は補助対象外

注意したいのが太陽光発電です。

太陽光発電設備そのものは補助対象外です。

ただし、一定の条件を満たした太陽光発電については、設備費は補助されなくても、その発電によるCO2削減量を本事業の削減率計算に算入できる場合があります。

公募要領では、補助対象となる省CO2設備で使用する電力量等を上限として削減量への算入を認めています。

ただし、太陽光発電設備自体が国の別の補助金を受けている場合は、その削減量を算入できません。

これは設備計画を組み立てるうえで非常に重要なポイントです。

蓄電池は対象外

公募要領では、補助対象外経費の例として蓄電池が明記されています。

また、

• 単独のインバータ
• BEMS
• FEMS

についても原則対象外です。

ただし、インバータ・BEMS・FEMSについては、エネルギー使用設備と組み合わせることで認められる場合があります。

LED照明には特例

LED照明の更新だけでこの補助金を利用することは原則できません。

ただし、中小企業に限り、主要設備の更新と同時に導入する「制御機能付きLED」について補助対象となる場合があります。

条件は、

• 中小企業であること
• 主要設備の導入と併せること
• 制御機能付きLEDであること
• LED単独では申請しないこと

などです。

また、LED部分の補助額は、主要設備の補助額が上限となります。

再エネ設備は条件付きで対象

太陽光以外の再生可能エネルギー発電設備・熱供給設備については、

1. 省CO2設備を少なくとも1つ導入する
2. 発電電力・熱を100％自家消費する
3. 発電能力が一定の上限以内

という条件を満たせば補助対象になります。

再エネ設備だけを単独導入する補助制度ではない点には注意が必要です。

補助対象となる経費

主な補助対象経費は、

• 本工事費
• 付帯工事費
• 機械器具費
• 測量・試験費
• 設備費
• 業務費
• 事務費

です。

また、導入後のCO2排出量を計測するために必要な計測器も補助対象となります。

補助対象外となる経費

一方、次のような経費は対象外です。

• 交付決定前に契約した設備・工事
• CO2削減に直接関係しない設備
• 事務所家賃等の経常経費
• 事故・災害対応費
• 見える化だけを行う機器
• フェンス・保安用品
• 家庭用設備
• 運輸部門の設備
• 蓄電池
• 原則として単独のBEMS・FEMS・インバータ
• 予備品
• 既存設備の撤去・移設・廃棄費
• 官公庁への申請・届出費
• 補助金申請そのものに要する費用
• 振込手数料

などです。

特に、

既存設備の撤去・廃棄費まで補助されるわけではない

という点には注意が必要です。

他の国補助金との併用は原則不可

同じ経費について、国から別の補助金等を受けることはできません。

また、本事業に申請した事業について固定価格買取制度（FIT）の設備認定を受けていないこと、財産処分制限期間中もFIT設備認定を受けないことが求められています。

自治体補助金などについては、財源や対象経費を含めて個別確認が必要です。

審査では何が評価される？

本補助金は要件を満たせば自動的に採択される制度ではありません。

外部有識者等による審査が行われ、予算の範囲内で採択されます。

主な審査項目は次の8項目です。

1. CO2排出削減量の大きさ
2. 費用対効果
3. 連携企業の数
4. 中小企業の数
5. SBT・TCFD・RE100・GXリーグ等への対応
6. パートナーシップ構築宣言におけるグリーン化の取組
7. デコ活への取組
8. LD-Tech認証製品の活用

ここから分かるのは、単に「設備の省エネ率が高い」だけでは十分ではないということです。

公募要領から考えると、

CO2削減量が大きく、多くの中小企業を巻き込み、サプライチェーン全体に展開できる案件

ほど制度趣旨との整合性が高いと考えられます。

経営層との面談もある

今回の申請では、代表企業の経営層のコミットメントも重視されています。

審査過程で、代表企業の代表権を有する者、またはそれに準ずる者との面談が実施されます。

そのため、応募時点で面談候補日も提示する必要があります。

単なる設備担当者・環境担当者だけのプロジェクトではなく、経営レベルでScope3削減に取り組む姿勢が求められているといえます。

事業説明資料では「IRR」まで求められる

申請資料として、

• 会社概況
• 事業内容
• 事業による効果

だけではなく、

投資判断基準、投資効果、IRR（内部収益率）

をまとめた「事業説明資料」の提出も求められています。

そのため申請準備では、

CO2削減計算と設備仕様だけでなく、設備投資としての経済合理性も整理しておく必要があります。

公募期間・締切

令和8年度の公募期間は、

2026年7月30日～11月13日17時

です。

ただし、一度の締切ではなく3回に分かれています。

公募要領には、採択状況によって後続の公募を実施しない場合があることも明記されています。

そのため、申請準備が可能な企業は、第2期・最終締切まで待たず、早い回での応募も検討した方がよいでしょう。

申請は原則Jグランツ

申請は原則としてJグランツを利用します。

Jグランツを利用するためにはGビズIDが必要です。

公募要領では、GビズID取得には約2週間程度必要とされているため、未取得企業は早めの取得が必要です。

やむを得ずJグランツを使用できない場合のみ、電子メール申請が認められています。

「応募申請」と「交付申請」は別物

この制度では、申請手続の構造にも注意が必要です。

まず、

代表企業が企業間連携プロジェクト全体について「応募申請」

を行います。

その後、採択された案件について、

実際に設備を導入して補助金を受ける企業が、事業所単位で「交付申請」

を行います。

つまり、

代表企業が全社分の補助金を受け取って各取引先へ配る制度ではありません。

企業間連携全体を代表企業が取りまとめ、その枠組みの中で各設備導入企業が補助事業者になる構造です。

交付決定前の発注は原則NG

設備投資系補助金で特に注意したいポイントです。

協会から交付決定を受ける前に契約・発注した経費は原則として補助対象になりません。

採択＝発注可能ではありません。

「採択」後に「交付申請」を行い、その後「交付決定」を受けてから契約・発注する必要があります。

設備メーカーへの正式発注時期は慎重に管理する必要があります。

複数年度の大型設備投資にも対応

本制度は国庫債務負担行為を利用し、最長3年間の複数年度事業に対応しています。

従来の補助金では年度をまたぐ際に事業を実施できない期間が生じるケースがありましたが、本制度では複数年度の投資計画に切れ目なく対応する仕組みが設けられています。

例えば、

• 2026年度：ボイラー更新
• 2027年度：生産設備更新
• 2028年度：空調・熱回収設備更新

といった段階的な大型GX投資も検討できます。

ただし、複数年度事業には「返還リスク」もある

複数年度で事業を組む場合には注意が必要です。

後年度に予定していた工事が中止となり、事業全体の要件を満たさなくなると、

事業全体の交付決定が取り消され、すでに完了した年度分についても補助金返還を求められる場合があります。

また、連携企業Bの事業が中止した結果、連携要件を満たせなくなれば、すでに事業を完了した連携企業Aについても返還を求められる可能性があります。

したがって、連携企業を選定する際には、

「補助金を使いたい企業」ではなく、「確実に設備投資を完遂できる企業」

を選ぶことも重要です。

事業完了後も3年間の報告義務がある

補助金を受け取れば終わりではありません。

事業完了年度の翌年度から3年間、CO2削減効果等の事業報告が必要です。

また、工場・事業場のCO2排出量をEEGS（省エネ法・温対法・フロン法電子報告システム）へ登録し、その写しを提出することも求められます。

代表企業は、設備導入企業からScope3削減実績を集め、企業間連携事業全体を取りまとめて報告します。

このため、

申請段階から「採択されるためのCO2計算」だけでなく、導入後に実績を継続測定できる仕組みを作っておくこと

が重要です。

この補助金と相性が良い企業

公募要領・審査項目から考えると、特に相性が良いのは次のような企業です。

大手・中堅メーカー

主要サプライヤーの設備更新を支援し、自社製品のCFPやScope3を削減したい企業。

多数の中小サプライヤーを抱える企業

連携企業数、中小企業数も審査項目となっているため、サプライチェーンへの波及効果を示しやすくなります。

サプライヤー側の中小製造業

自社単独ではなく、主要取引先である大手企業を代表企業としてプロジェクトを構築することで、高効率生産設備等への大型投資を補助率1/2で実施できる可能性があります。

物流・廃棄物関連のサプライチェーンを持つ企業

Scope3カテゴリー4・5・9・12も対象なので、製造工程だけでなく、物流・廃棄に関連する企業間連携も対象となり得ます。

採択可能性を高めるための5つのポイント

本制度への申請を検討する場合、特に重要なのは次の5点です。

1．最初に「誰のScope3を減らすのか」を決める

通常の省エネ補助金と異なり、単なる設備更新計画からスタートするのではなく、

代表企業 → Scope3カテゴリー → 連携企業 → 設備

という順番で整理することが重要です。

2．設備選定前にCO2削減率を計算する

設備を選んだ後に削減率要件を確認すると、30％要件等を満たさず計画を作り直す可能性があります。

3．連携企業を多めに確保する

連携企業数、中小企業数そのものが審査項目です。

また、1社が途中離脱しただけで全体要件を失う計画は、事業実施上のリスクも大きくなります。

4．費用対効果とIRRを同時に確認する

CO2削減効果だけでなく、

• 10万円/t-CO2以下
• 投資回収3年以上
• IRR等の投資合理性

を同時に成立させる必要があります。

5．交付決定前に発注しない

設備納期が長い場合でも、原則として交付決定前の契約・発注は補助対象外です。

設備メーカーとのスケジュール調整を早い段階から行う必要があります。

まとめ

令和8年度「Scope3排出量削減のための企業間連携による省CO2設備投資促進事業」は、サプライチェーン全体の脱炭素化を設備投資面から支援する大型補助制度です。

特に重要なポイントは、

• 補助上限15億円
• 中小企業は補助率1/2
• 中小企業以外は原則1/3
• 一定条件を満たせば中小企業以外も1/2
• 代表企業＋連携企業による申請
• 対象Scope3はカテゴリー1・4・5・9・12
• 事業全体で30％以上のCO2削減が基本
• 大企業30％、中堅20％、中小10％の削減率要件
• 費用対効果10万円/t-CO2以下
• 投資回収期間3年以上
• 補助上限15億円
• 最大3年間の複数年度事業に対応
• 太陽光・蓄電池には対象上の制限あり
• 第1期締切は2026年9月4日
• 最終締切は2026年11月13日

という点です。

従来型の「自社工場だけの省エネ補助金」とは申請設計が大きく異なります。

特に、

「代表企業を誰にするか」
「どのScope3カテゴリーに該当するか」
「どの取引先を連携企業にするか」
「企業別・事業全体のCO2削減率を満たせるか」

を最初に整理することが申請準備の重要なポイントになります。